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Graphpad制作生存曲线,你值得拥有!

风行者 小张聊科研 2021-02-21

对于大多数博士研究生来说,发表一篇有影响力的论文是非常令人向往的事情,当然,论文是没那么容易发表的,除了扎实的实验数据,你还得学会怎么去处理数据,以漂亮的方式展现给编辑,这其中就涉及科研作图的问题,今天笔者给大家分享一下如何使用Graphpad花式作图(重在分享经验,求勿喷)。


下面以使用Graphpad Prism 6软件作生存曲线图为例给大家讲解一下。


作图首先来源于实验数据,比如给两组小鼠(分别为group1和group2)药物来诱导小鼠死亡,连续跟踪7天,观察小鼠的死亡情况,1表示死亡;0表示没死。

Days

group1

Group2

1

1


2

1


3

1


4

1

1

5


1

6


0

7


0

根据以上观察的结果就可以使用Graphpad作图来比较两组的生存率是否有变化。


打开Graphpad Prism 6软件,选择survival作图一栏,点击下方create创建一个新的工作界面。

此时便可将之前观察到的数据填入作图软件中。X轴表示死亡时的天数。同样,1表示死亡;0表示没死。

点击左下方的Date 1便可以获得作图结果。

在左边survival of Data 1一栏中寻找curve comparison这一栏还可以获得数据的分析结果,是否有显著性差异以及p值的大小。

可以看到,通过mantel-cox分析,group 1和group 2两组具有显著性差异,p值为0.0169。


当然,这是在两组的情况下,在你获得结果时便可自动计算出p值,但是如果多组的话便需要你自己进行两两比对,如下以三组为例,将实验数据填入软件中。

点击上方的Analyze,找到survival curve一栏,这样便可以选择想比较的任何两组,去掉group2,比较剩下的两组。

选择ok后,可以看到input一栏,在上方我们使用1表示死亡;0表示没死。因此在Death/Event一栏填1,censored subject一栏填0。

Output一栏中,选择常用的95% Cl后由两个选项,一般选择Asummetrical。

点击ok后,我们便可以获得group 1 和group 3的比较结果,同样也具有显著性差异,p值为0.0124。

生存曲线在临床医学中经常会用到,小伙伴们可以试试额。


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